Sau Hiệp định Genève chia cắt đất nước, Tổng hội Phật giáo Việt Nam cũng bị chia cắt. Điều này không ảnh hưởng nhiều đến các hoạt động, vì trên thực tế các Hội vẫn hoạt động độc lập.

• Năm 1958, các tổ chức của Tổng hội tại miền Bắc thống nhất lại thành Hội Phật giáo Thống nhất Việt Nam, tôn Hòa thượng Thích Trí Độ làm Hội trưởng, Hòa thượng Thích Đức Nhuận làm Phó hội trưởng.
• Sau biến cố 1963, năm 1964, Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất được thành lập tại miền Nam, nòng cốt chính là từ các tổ chức thuộc Tổng hội Phật giáo Việt Nam.